以東京醫科大學竄改考生成績為契機，日本文部科學省對全國81所設有醫學系的大學實施緊急調查，發現存在入學考試不公問題的學校達10所，包括神戶大學、東京醫科大學、順天堂大學、日本大學、昭和大學、岩手醫科大學、金沢醫科大學、福岡大學、北里大學，以及聖瑪麗安娜醫科大學。當中9所大學承認不公問題，需向公眾致歉，惟獨聖瑪麗安娜醫科大學堅決否認「優待男生」的指控。
日本文部科學省於8月開始實施調查，通過書面和訪問調查學校的公正性。根據14日公佈的最終調查報告，入學考試不公事例如下：對女性考生和重考生實行減分措施、提高女性的合格線、優待畢業生的親屬等。文部科學大臣柴山於記者會表示，「對於受影響的考生感到遺憾，希望大學可以站在考生的立場，迅速展開相應的改善措施。」另外，文部科學省擔憂其他學系亦有入學考試不公問題，正考慮展開全面調查。
經過這次調查後，東京醫科大學、順天堂大學和日本大學決定重新審視去年的入學考試結果，並分別追加合格考生共102人。由於日本醫科的合格人數有限，大學追加合格考生導致來年需要減少收生人數。
